Faut qu'on se parle de cette souche de COVID-19 «plus contagieuse» (et des «preprints»)...

BLOGUE / Quand la poussière aura commencé à retomber sur cette crise de la COVID-19, et même avant si on peut, il va falloir se poser de sérieuses questions sur les articles en «prépublication», tant dans les médias que dans le monde de la recherche. Parce que je ne suis pas sûr qu'ils ont fait plus de bien que de mal dans la crise actuelle.

Le dernier exemple en date est cette histoire, reprise dans de nombreux médias de la planète, autour d'une nouvelle souche «désormais dominante» de la COVID-19 qui serait «plus contagieuse» que l'originale . Comme on pouvait s'y attendre, cette «nouvelle» a causé beaucoup d'émoi et d'inquiétude sur les réseaux sociaux. Et tout cela pour franchement pas grand-chose.

Le L.A. Times fut le premier à rapporter cette «nouvelle», qui remonte à un article placé récemment sur le serveur de prépublication bioRxiv. Le document traite d'une mutation observé sur le virus de la COVID-19 et qui semble s'être largement répandue par la suite. Les auteurs de l'étude, qui sont des gens sérieux par ailleurs, interprètent cela comme le signe que cette mutation donne un avantage aux virus mutants en les rendant plus contagieux. Et le ton du prépapier a effectivement quelque chose d'alarmiste, puisqu'il parle d'une «urgence» (urgent concern, dans le résumé) au sujet de la mutation en question, la poétiquement nommée «D614G».

Or voilà, comme toutes les autres études qui se retrouvent sur bioRxiv, il s'agit d'une «prépublication», c'est-à-dire une sorte de «brouillon» qui n'a pas encore passé par le processus de révision par les pairs qui mène (éventuellement) à une publication dans des revues scientifiques. On ne peut pas se fier à ça autant que sur une étude revue et publiée en bonne et due forme. Déjà que quand une étude est publiée, elle reste «juste une étude» dont les résultats doivent être corroborés par d'autres travaux, alors imaginez la prudence avec laquelle il faut traiter les prépublications.

Mais ni le Times, ni le JdeM, ni la plupart des autres n'ont fait cette nuance. Beaucoup ont pris ces résultats-là pour de l'argent comptant, en ont tiré des manchettes apocalyptiques et n'ont souvent même pas pris la peine d'aller chercher les commentaires d'autres experts.

Il en aurait pourtant bien fallu. Personnellement, j'ai arrêté de compter le nombre de virologues et d'épidémiologistes que j'ai vu péter des coches sur mes réseaux au sujetde cette «nouvelle» au cours des derniers jours. Essentiellement, disent-ils, il est possible que cette mutation D614G ait une influence sur la contagiosité de la COVID-19. Ça se peut... Peut-être... Mais l'article de bioRxiv n'en fait aucunement la démonstration.

D'abord, note l'épidémiologiste de Harvard Bill Hanage dans une éclairante enfilade de tweets, un des arguments principaux de ce preprint pour défendre la thèse d'une sélection naturelle est que la variante mutante a fini par devenir plus répandue que l'originale qui a sévi au départ en Chine (et en quelques autres endroits du monde). Mais en soi, souligne M. Hanage, ça ne veut rien dire. Ça peut être le signe d'une plus grande contagiosité du mutant, mais cela peut aussi s'expliquer simplement par ce que les généticiens appellent un «effet fondateur» : les premiers virus à avoir infecté l'Europe appartenaient à la souche mutante, et il s'est adonné qu'une fois que la Chine et l'Asie sont parvenues à juguler leurs épidémies, c'est l'Europe qui est devenue la principale source de contagion. On aurait donc affaire à une souche de virus qui ne sont pas plus contagieux que les autres, mais qui ont juste été «chanceux» de se retrouver au bon endroit, au bon moment.

On n'est encore certain de rien, mais un signe qui fait croire à M. Hanage qu'on n'a sans doute affaire qu'à une souche «chanceuse» est un graphique du prépapier (fig. 3 à la page 19 sur 33) qui montre la façon dont l'épidémie s'est déroulée dans l'État de Washington. Cet endroit fut parmi les premiers (et les plus durement) touchés en Amérique du Nord à cause de ses liens avec l'Asie. Dans l'État de Washington, l'épidémie a d'abord commencé avec la souche originale (en orange sur le graphique), puis la souche mutante (en bleu) est graduellement arrivée en provenance de la côte est américaine, où le coronavirus était surtout arrivé par l'Europe.

Mais comme on le voit, les deux souches ont ensuite reculé à un rythme tout à fait comparable, ce qui suggère qu'elles ne se transmettent pas mieux l'une que l'autre. Ajoutons à cela que la prépublication a constaté exactement le même pattern au Canada, où la COVID-19 est d'abord arrivée en Colombie-Britannique (donc surtout d'Asie), avant que le Québec ne connaisse la forte épidémie que l'on sait (provenant surtout d'Europe et de l'Est des États-Unis). Et il ne semble pas que la souche mutante ait régressé moins vite au Canada non plus.

En outre, comme l'a souligné la virologue américaine Angela Rasmussen, le simple fait qu'une mutation affecte une protéine dont le virus se sert pour s'accrocher aux cellules ne signifie pas que cela change quoi que ce soit sur sa contagiosité. Il est possible que ce soit le cas, mais il faut faire des tests in vitro et in vivo avant de l'affirmer, chose que les auteurs du prépapier qui a mis le feu aux poudres n'ont pas fait.

Dans le passé, on a déjà trouvé des mutations semblables sur le virus Ebola, par exemple, et une de ces mutations, nommée A82V, avait été testée in vitro sur des cellules animales, montrant un potentiel infectieux quatre fois plus fort que les autres souches d'Ebola. Mais quand on avait testé la même mutation sur de vrais animaux, la mutation s'était avérée insignifiante, ne faisant finalement aucune différence, rappelle avec justesse Mme Rasmussen.

Or le prépapier sur la COVID-19 paru la semaine dernière n'a fait aucun test : ni in vitro, ni sur des animaux. Alors pour l'instant, rien ne permet de croire que la fameuse mutation D614G a quelque effet que ce soit sur la contagiosité. Peut-être que c'est le cas, peut-être que ça ne l'est pas.

Et c'est sans compter qu'une autre étude, qui elle a été revue par les pairs et publiée, a conclu la semaine dernière qu'il n'y a pas de signe actuellement que la COVID-19 est en train d'évoluer en plusieurs sous-types ayant des caractéristiques cliniques ou épidémiologiques différentes. Ce qui, a priori, contredit complètement l'idée d'un nouveau sous-type plus contagieux.

Ce sont tous là des éléments d'information qui étaient faciles à trouver, pour peu qu'on fasse quelques recherches et/ou entrevues pour valider l'information. Et pour peu qu'on prenne les prépublications pour ce qu'elles sont : des résultats préliminaires, des brouillons à prendre avec de belles grosses pincettes. Jamais pour une chose que l'on peut mettre dans le journal sans validation ni avertissement sur sa valeur.

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Le pire est sans doute que ce n'était pas la première fois, au cours de cette pandémie, qu'un preprint servait de point de départ à une fausse histoire de peur. Cet hiver, des chercheurs indiens avaient prépublié une étude concluant que des bouts de VIH se trouvaient dans le génome de la COVID-19. Il s'est avéré que c'était complètement faux et le prépapier a été retiré par ses auteurs eux-mêmes, mais le mal était fait : l'idée sans fondement d'un virus fabriqué en laboratoire venait de gagner une apparence de validité scientifique qui n'allait pas s'effacer facilement. Pour tout vous dire, je reçois encore assez régulièrement des courriels de lecteurs qui se questionnent sur cette étude-là. Les dommages à l'information publique sont réels et à long terme.

Alors je vous pose la question : qu'est-ce qu'on fait avec ces serveurs de prépublication ? Il n'est pas question de les fermer, on s'entend là-dessus, parce que ce sont des outils nécessaires et très pratiques en recherche, qui permettent aux chercheurs de discuter de leurs travaux avant la révision par les pairs. Mais il arrive qu'ils soient utilisés comme des outils de diffusion publique, et c'est là que les problèmes commencent.

Les médias, disons-le, ne sont pas les seuls à commettre ce péché : j'ai vu de nombreux scientifiques citer des preprints ces dernières semaines. Je l'ai moi-même fait (en y mettant toujours les avertissements d'usage). Mais ce n'est pas vrai que bioRxiv et les autres serveurs du même type servent à accélérer la recherche, contrairement à ce que le JdeM prétend. Les revues savantes ont des manières d'accélérer la révision par les pairs et la publication lorsque les circonstances l'exigent — comme en font foi, d'ailleurs, les très nombreuses études sur la COVID-19 qui sont publiées depuis des semaines. Au risque de me répéter : les serveurs de prépublication servent de forum de discussion pour les chercheurs, pas d'instruments de diffusion.

Alors qu'est-ce qu'on peut faire pour qu'ils continuent de remplir ce rôle tout en limitant les dommages collatéraux ? On les protège par un mot de passe afin d'en limiter l'accès aux savants (ces sites web sont tous présentement en libre accès) ? Personnellement, je ne vois pas de meilleure solution, mais c'est peut-être juste un signe de mon manque d'imagination.

Dans tous les cas, je crois qu'il faut trouver une solution parce que s'il est utile pour la recherche, sur le plan de l'information publique, ce système a causé de gros dégâts déjà...

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